到了唐朝，由于大兴佛教，按传说：开始是从云南鸡爪山来了一位高僧，他背了二株香杉树苗和二株桢楠树苗，去朝南海观世音菩萨，路过此地，就在三清观前亲手栽上两株香杉和两颗桢楠树，在朝峨眉山转来后，看见所栽香杉全活了，桢楠树也非常茂盛，认为与佛有缘，就不再回云南鸡爪山区，便选择了这块荒废的庙宇，作晚年落脚安身之地。他修整好没有烧掉的上清宫、玉清宫两个殿，把未烧坏的菩萨从荒草泥土中扶起来，又在庙基上陆续新修不少庙宇，用白果树（通称神木）雕刻了大量的佛教菩萨。为防止火烧和年久腐蚀，还开始采用石雕菩萨。这时因后山的云雾山早已被人们习惯性称为云峰山了，所以就将在三清宫基础上重新建起来的庙子改名为云峰寺。从此，道观就变成了佛寺，道人改住了僧人。僧人收徒众多，云峰寺很快就兴旺起来。到了唐盛时期，云峰寺的香火也是鼎盛时期，土地有收徒弟，堪称“四世同堂”。和尚最多时达八十人，加居士、长年（雇工）等，每天有上百人开饭。
据传云南高僧栽种的桢楠树苗就是现在大家所熟知的“桢楠王”。
在民国十四年（1936年）红军在太湖寺驻扎，并成立了荥经县苏维埃政府，由于红军力量薄弱，只能战略转移。国民党中央军驻进太湖寺后遭了一次劫难。事情的经过是：那株千年古树已经空了，大堆的木屑从树脚的空洞里流出来，中央军的哨兵站岗时意外发现在“桢楠王”的树干上有一条蟒蛇，他就用香去点木屑，谁知木屑经香头一触即燃，很快顺着树空往里燃，空树就如烟囱一样，使劲往上抽，大火越烧越旺，后来整个树顶都烧起来了，但下面的人还不知道，只等树内碗口粗的大蛇被烟火熏烤，爬出来满树满房飞窜时才发觉，庙周围的群众看见树子燃起了冲天大火，还认为中央军在焚烧庙子了。因为树太高，火又在上面燃，费了九牛二虎之力也扑不灭，中央军也怕闯下大祸，就把那个点火的哨兵吊起来打得半死。后来有人想了一个办法，用土把下面树洞堵住，大火才慢慢熄灭了。那颗烧过的“桢楠王”因此就死了。
国民党二十四军军长刘文辉知道后，非常震惊，当日晚亲自书写“心经”，并命人镌刻于太湖寺门前“澄心岩”上，表达忏悔。第二年春天，奇迹发生了，“桢楠王”开始突然猛长，越长越大，越长越直，终于代替了那株烧焦的主干。原先那颗烧焦的主干，到现在已经七十八年了，还顽强的站立着，没有倒下去，好像年年月月在向人们倾诉着它那惨遭劫难的心酸历史。
